Les États membres doivent mettre en place un système de contrôle pour veiller au respect des dispositions applicables aux productions biologiques. Bien que devant être établis sur le principe d’une évaluation des risques, la législation de l’UE requiert aussi que le contrôle des opérateurs soit effectué au moins une fois par an (à l’exception des détaillants et des grossistes qui ne commercialisent que des produits bio préemballés).
Les autorités compétentes peuvent déléguer les activités de contrôle à des organismes de certification accrédités, mais doivent néanmoins en assurer une certaine supervision (vérification de l’indépendance des organismes accrédités et de l’efficacité de leurs contrôles, retour d’information quant aux irrégularités constatées…).
Dans cinq États membres de l’UE (Danemark, Estonie, Finlande, Lituanie et Pays-Bas), les contrôles relèvent uniquement d’institutions publiques. Dans quatre États membres (Espagne, Luxembourg, Malte et Pologne), les systèmes de contrôles sont mixtes, impliquant des structures publiques et des organismes privés. Dans les autres États membres (19), les contrôles sont assurés par des organismes privés. Au début des années 2010, il y avait environ 190 organismes de certification dans l’UE.
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